cailab.utils

概述

cailab.utils 是一个 R 包，包含了在蔡实验室日常数据分析中常用的工具函数。主要功能包括：

1. 数据处理与可视化
   • 统计绘图函数
   • 网络分析与可视化
   • 数据表格处理
2. R Markdown 文档生成
   • Rnw 转 Rmd 工具
   • 图表标题链接
   • 文档格式化工具
3. 序列分析
   • 序列比对
   • 特异性引物设计
   • 系统发育树构建
4. 合成群落分析
   • 群落组合生成
   • 群落设计工具
5. BioCyc 数据库交互
   • 富集分析
   • 通路分析
   • 基因注释
6. AI 集成
   • 智谱 AI 接口
   • GPT-4 接口
   • 百度分词

安装

# 从 GitHub 安装
# install.packages("devtools")
devtools::install_github("syntheticcommunity/cailab.utils")

使用示例

BioCyc 数据库查询

library(cailab.utils)

# 创建 BioCyc 会话
session <- biocyc_session(username, password)

# 获取基因列表
genes <- biocyc_get_all(session, "ECOLI", "Genes")

# 创建智能表
table_id <- biocyc_create_smart_table(session, "ECOLI", values = genes[1:10])

序列分析

# 运行序列比对
alignment <- run_alignment_with_muscle(sequences)

# 构建系统发育树
tree <- tree_from_aln(alignment)

统计绘图

# 箱线图
gg_boxplot(data, x = "group", y = "value")

# 饼图
ggpie(data, "category", "value")

文档

完整的文档请访问 在线文档。

贡献

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许可证

本项目采用 GPL-3 许可证。详见 LICENSE 文件。

作者

Chun-Hui Gao (@gaospecial)

引用

如果您在研究中使用了本软件包，请引用：

@software{cailab.utils,
  author = {Gao, Chun-Hui},
  title = {cailab.utils: Collection of data analysis utilities in Cai Lab @ HZAU},
  year = {2024},
  publisher = {GitHub},
  url = {https://github.com/syntheticcommunity/cailab.utils}
}