获取所有数据

此函数用于获取指定生物体数据库中的所有数据

Usage

biocyc_get_all(session, type = "pathways", orgid = "ECOLI")

Arguments

session

httr::handle对象，表示已建立的BioCyc会话

type

字符串，数据类型（如 "pathways", "genes"，详见 details

orgid

字符串，生物体数据库标识符（如 "ECOLI"），获取 organism 数据时可以不填

Value

数据框，包含所有数据

Details

type 参数一共支持 23 种类型，分别是（不区分大小写）：

1. "ATTENUATORS": 衰减子

2. "COMPOUNDS": 化合物

3. "GENES": 基因

4. "ORGANISMS": 物种

5. "PATHWAYS": 通路

6. "PROMOTERS": 启动子

7. "PROTEINS": 全部蛋白质，包括多肽和蛋白质复合体

8. "POLYPEPTIDES": 多肽

9. "PROTEIN-COMPLEXES": 蛋白质复合物

10. "ENZYMES": 酶

11. "RIBOSOMAL-PROTEINS": 核糖体蛋白质

12. "TRANSCRIPTION-FACTORS": 转录因子

13. "TRANSPORTERS": 转运蛋白

14. "CYTOSOLIC-PROTEINS": 细胞质蛋白质

15. "MEMBRANE-PROTEINS": 膜蛋白质

16. "PERIPLASMIC-PROTEINS": 周质蛋白质

17. "PUBLICATIONS": 出版物

18. "REACTIONS": 反应

19. "RIBOSWITCHES": 核糖开关

20. "RNAS": RNA

21. "TERMINATORS": 终止子

22. "TRANSCRIPTION-FACTOR-BINDING-SITES": 转录因子结合位点

23. "TRANSCRIPTION-UNITS": 转录单位