library(cailab.utils)12 引物设计
12.1 设计常规 PCR 引物
使用 Primer3 设计常规引物。
library(rPrimer3)
fas = system.file("sequence.fa", package = "rPrimer3")
# config_path = file.path(system("brew --prefix primer3", intern = TRUE), "share/primer3/primer3_config")
# Sys.setenv("PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH" = config_path)
# design_primer_from_file(fas, parts = 1)12.2 设计菌株特异性引物
library(cailab.utils)
# design_specific_primer(fas)12.3 使用 unikmer
Sys.setenv(UNIKMER="/home/gaoch/anaconda3/envs/kprimer/bin/unikmer")12.4 设计克隆引物
获取匹配序列
添加酶切位点
调优引物性能